Trong cuộc Chiến tranh Đông Dương, các hoạt động trên sông nước của quân Pháp chiếm một phần quan trọng trên chiến trường. Lợi dụng lãnh thổ Việt Nam có bờ biển dài, nhiều sông ngòi, có vùng sông ngòi chằng chịt như miền Tây Nam Bộ, quân Pháp đã bố trí một lực lượng hải quân khá mạnh. Hải quân Pháp tập trung vào 3 hoạt động chủ yếu:

• Dùng tàu thuyền chiến đấu hỗ trợ cho bộ binh đi càn quét
• Đánh phá căn cứ, ngăn chặn tiếp tế, vận chuyển của Việt Minh
• Dùng đường thủy để tiếp hậu cần cho quân Pháp trên đất liền

Để chống lại các hoạt động của Hải quân Pháp, các lực lượng vũ trang của Việt Minh đã cho xây dựng các đội săn tàu Pháp, gồm cả những biệt đội đặc nhiệm hải quân, ở các vùng ven sông, ven biển, sẵn sàng đánh Pháp trên mặt trận sông nước.

Trong chiến dịch Hà-Nam-Ninh (tháng 6 năm 1951), tổ đặc nhiệm do Nguyễn Quang Vinh (thuộc Trung đoàn 36, Đại đoàn 308) chỉ huy dùng thuyền nan chở 300 kg thuốc nổ đánh chìm tàu LCD chở vũ khí của quân Pháp. Đây là trận mở đầu cho cách đánh tàu chiến trên chiến trường Bắc Bộ, tạo tiền đề cho việc nghiện cứu sử dụng đặc nhiệm đánh các mục tiêu tên sông, biển. Ở miền Nam, đầu năm 1949, đội săn tàu Long Châu Sa dùng thủy lôi tự tạo đánh chìm tàu Glyxin trên sông Sài Thượng, diệt hàng trăm quân đối phương.

Ở vùng Rừng Sác, vào tháng 9 năm 1950, các đội đặc nhiệm được hình thành từ Trung đoàn 300, hoạt động ở vùng Nhà Bè, Thủ Thiêm xuống Cần Giờ, Soài Rạp. Lực lượng này chiến đấu rất dũng cảm, táo bạo, được gọi là "quân cảm tử", diệt nhiều chỉ huy Pháp và tay sai. Như vậy trong giai đoạn đầu kháng chiến, cùng với cách đánh của đặc công bộ, cách đánh của Đặc nhiệm hải quân cũng bắt đầu phát triển. Dựa trên những tiến bộ của quá trình nghiên cứu cải tiến vũ khí, các địa phương ở Bắc Bộ và Nam Bộ đã tổ chức được một lực lượng chuyên, tinh để đánh tàu, thuyền bằng cách đánh đặc nhiệm.